El municipio de Villa Aldama se encuentra en el centro del estado en la denominada Región Capital, sus coordenadas extremas son 19° 39′ 2″ de latitud norte y 97° 13′ 15″ de longitud oeste y su altitud fluctúa entre los 2 500 y los 2 280 metros sobre el nivel del mar; es uno de los municipios más pequeños del estado, siendo su extensión total de 51.5 kilómetros cuadrados que equivalen al 0.1% de la superficie total de Veracruz.
Limita al oeste y al norte con el municipio de Altotonga, al noreste con el municipio de Las Minas, al sureste con el municipio de Las Vigas de Ramírez y al sur con el municipio de Perote.
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